Escritora francesa de origen Belga, nacida en un acomodada familia. 

Su padre, natural de Lille, le dió una educación esmerada introduciéndola en los clásicos griegos y romanos y enseñándole ambos idiomas. En sus numerosos viajes casi siempre la llevaba con él y cuándo Marguerite mostró interés por la escritura su padre la apoyó siempre.

Cursó estudios universitarios, especializándose en cultura clásica, y empezó a publicar diez años antes del comienzo de la Segunda Guerra Mundial. De esta primera época son las novelas Alexis o el tratado del inútil combate (1928), que comenzó a despertar el interés de la crítica, La Nouvelle Eurydice (1929),  Denier du rêve (1934), historia de un atentado fracasado contra Mussolini, donde la violencia política ocupa el primer plano; y La mort conduit l'attelafe (1934).

Sus largas estancias en Grecia dieron origen a una serie de ensayos reunidos en Viaje a Grecia y llevaron a su maduración la idea originaría de Fuegos (1936), una obra esencialmente lírica compuesta de relatos míticos y legendarios. La misma dimensión mítica se deja traslucir en su colección de Cuentos orientales, publicada en 1938. El año siguiente aparece El tiro de gracia, basada en un hecho real, una historia de amor y de muerte en un país devastado durante las luchas antibolcheviques. Son importantes también varios ensayos, como Pindare (1932) y Les songes et les sorts (1938).

En 1951 publicó su novela Memorias de Adriano, traducida al castellano por Julio Cortázar y en 1965 publicó Opus Nigrum. 

Durante los años setenta tuvo que permanecer casi recluida en Mount Desert, por decisión propia para acompañar a su pareja Grace, que padecía cáncer de mama, hasta su muerte en 1979. Este fue un periodo difícil para Marguerite, que amaba viajar, pero le permitió redactar los dos primeros volúmenes de la trilogía de memorias familiares El laberinto del mundo: Recordatorios, que trata de la historia de la familia materna y Los Archivos del Norte, que trata de la familia de su padre.

Ganadora de los premios Fémina y Erasmus, en 1980 fue la primera mujer elegida miembro de número de la Academia francesa, aunque desde 1970 ya pertenecía a la Academia belga. Su elección fue propuesta por Jean d'Ormesson, para ocupar el sillón dejado vacante por Roger Caillois con quien Marguerite había tenido relaciones cordiales antes de la guerra y sobre quien versó su brillante discurso de ingreso, al que asistió el presidente de la república Valéry Giscard d'Esteing.

Desde 1980 hasta su muerte en diciembre de 1987, volvió a viajar acompañada ahora por el joven fotógrafo Jerry Wilson, a quien había conocido poco antes cuando formaba parte de un equipo de televisión que fue a entrevistarla a Petit Plaisance. Aparte de recorrer sus lugares habituales en Europa fueron a Egipto, Marruecos, Japón y la India. De estos viajes, especialmente de las estancias en Japón y la India, salieron los dos últimos libros de la escritora, publicados póstumamente: Peregrina y extranjera y Una vuelta por mi cárcel.